火星任務Logo最外圈的字樣是創辦者東海大學以及國立自然科學博物館。裡頭黃色尖頂符號代表著東海大學路思義教堂的創新精神，而教堂站在代表地球的經緯上希望將這樣創新的精神與世界同步。火星任務競賽緊密與台灣科學節結合，星空的五顆星星代表著主辦台灣科學節五大博物館，科博館、科工館、海生館、海科館及科教館。星空中右邊紅色那顆星星是Peter Pan故事裡代表著夢想島，也是主題曲裡面的The second star to the right，它可以是火星也可以是自己的夢想，我們要脫離地球的地心引力，擺脫各種困難的往夢想前進。